ความเคลื่อนไหวสำคัญอีกอย่างหนึ่งของพระสันตปาปาเลโอที่ 14 คือการปลดอาร์ชบิชอปปาเกลีย(Archbishop Vincenzo Paglia)ออกจากตำแหน่งประธานสถาบันยอห์น ปอลที่ 2
พระสันตปาปาเลโอที่ 14 ทรงปลดอาร์ชบิชอปวินเซนโซ ปาเกลียออกจากตำแหน่งประธานสถาบันยอห์น ปอลที่ 2 เพื่อการสมรสและครอบครัว และทรงแต่งตั้งพระคาร์ดินัล บัลดาสซาเร เรนา(Cardinal Baldassare Reina)ดำรงตำแหน่งแทน การดำรงตำแหน่งของ Paglia เต็มไปด้วยความขัดแย้ง รวมทั้งคำแถลงต่อสาธารณชนเกี่ยวกับ bioethics (จริยธรรมชีวภาพ)และปัญหา LGBTQ+ ซึ่งจุดชนวนให้เกิดความผิดหวังในหมู่ผู้ยึดมั่นในหลักอนุรักษ์นิยมคาทอลิก
สถาบันซึ่งรู้จักกันทั่วไปในชื่อ “สถาบันยอห์น ปอลที่ 2” นี้,อาร์ชบิชอปวินเซนโซ ปาเกลีย ดำรงตำแหน่ง Grand Chancellor ตั้งแต่ปี 2016 ปาเกลีย ซึ่งมีอายุครบ 80 ปีเมื่อไม่กี่สัปดาห์ก่อน มีบทบาทโดดเด่นในสมัยของพระสันตะปาปาฟรังซิส และเป็นบุคคลสำคัญในการนำการเปลี่ยนแปลงมาใช้กับสถาบันพระสันตปาปาทั้งสองแห่งตามคำสั่งของพระสันตปาปาฟรังซิส
การบ่อนทำลายสถาบันยอห์น ปอลที่ 2 เริ่มต้นอย่างจริงจังในปี 2019 ด้วยการปลดประธาน Monsignor Livio Melina และสั่งพักงานศาสตราจารย์ทั้งหมดทันที ต่อมามีการคัดเลือกเจ้าหน้าที่ที่สนับสนุนจุดยืนทางศีลธรรมที่ตรงข้ามกับจุดยืนเดิมของสถาบันที่เคยปกป้องมาก่อน เช่น การไม่สนับสนุนการรักร่วมเพศและการคุมกำเนิด
ตัว Paglia เองก็กลายเป็นที่ถกเถียงกันมากขึ้นเนื่องจากความคิดเห็นของเขาเกี่ยวกับปัญหาต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับชีวิตและครอบครัว เขาปกป้องการฆ่าตัวตายโดยมีผู้ช่วยเหลือ สนับสนุนการคุมกำเนิด และโจมตีชาวคาทอลิกที่คัดค้านทางศีลธรรมต่อการฉีด abortion-tainted COVID-19
การแต่งตั้งพระคาร์ดินัล Reina ได้รับการต้อนรับจากกลุ่ม pro-life พระคาร์ดินัล Reina ซึ่งได้รับการแต่งตั้งเป็นพระคาร์ดินัลในเดือนธันวาคม 2024 เป็นผู้แทนพระสันตปาปาประจำสังฆมณฑลแห่งโรม เชื่อกันว่าประวัติของเขาในประเด็นต่อต้านการทำแท้งนั้นค่อนข้างเคร่งครัดมากกว่าผู้ที่เขากำลังเข้ามาแทนที่
